Entité spatiale homogène du point de vue des déterminants physiques qui contrôlent l’organisation et le fonctionnement global des écosystèmes aquatiques. A l'échelle du bassin, les déterminants primaires universellement reconnus du fonctionnement écologique des cours d'eau sont la géologie, le relief et le climat. Ce concept s'inspire des théories de contrôle hiérarchique des hydrosystèmes, et repose particulièrement sur l'emboîtement des échelles physiques, du bassin jusqu'au micro-habitat. L'IRSTEA (ex CEMAGREF) a défini les hydroécorégion pour la France métropolitaine. Il a développé le cadre conceptuel de la régionalisation par "hydroécorégion" et les aspects généraux de la méthode, l'objectif étant de définir et caractériser les Hydroécorégions pour la France métropolitaine. On distingue deux niveaux pour les hydroécorégions (HER) : le niveau 1 et le niveau 2. Le deuxième niveau de régionalisation est défini à partir du niveau 1, aboutissant à la description quantifiée d'une centaine d'hydro-écorégions de niveau 2 (HER-2). Ces HER-2 servent à préciser la variabilité interne des HER-1. La méthode et les résultats sont décris sur le site du Laboratoire d'Hydroécologie Quantitative (voir partie Source en ligne)